洁净室的清扫工具一般采用集中固定式或便携移动式真空清扫设备，以确保在定期清扫时能去除微粒污染；也能有效地、适时地清除某些不适合在洁净室外进行工作所带来的污染。当设置集中固定式真空清扫系统时，其排风机应安装在洁净室外；洁净室内的连接插座在不使用时应严密封盖，以免危及洁净室内的压差或气流形式。当设置便携式真空清扫设备时，应配置有排风过滤器，其过滤效率应至少与所在洁净环境的等级相同；还应注意在使用时对洁净室内气流的影响。
若洁净室不具备上述清扫条件时，也可采用不掉纤维的材料如丝光毛巾、尼龙布等进行擦拭，一般每天1次或数次。对于高级别的洁净室，擦拭用水应使用过滤后的水；有特殊要求的场所，也可采用符合要求的有机溶剂进行擦拭。当洁净室内产品生产工艺要求不能进行擦拭时，应采用真空清扫设备进行清扫。
一般对于小面积的洁净室宜采用移动式真空清扫机，而大面积或高级别的洁净室宜采用集中或真空吸尘系统。集中或真空吸尘系统的设置要求如下：
1、吸尘装置宜布置在靠近负荷的中心，并要考虑隔声隔振措施。
2、洁净室内吸尘口位置和数量，要根据软管作用半径(一般为6—12m)确定，使洁净室内各处都得到清扫。
3、集尘器要设置在真空泵的吸入端，集尘器可采用布袋除尘器等。
4、吸尘系统的管道材料要选用耐磨、气密性好、有一定强度的材质，如无缝钢管或硬塑料管。管道弯头的曲率半径为管道直径的4～6倍，三通夹角一般为30°，最大不超过45°。水平管道要有一定的坡度，坡向立管或集尘器。
不同级别、不同用途的洁净室，其清扫的次数和清扫方法都会有所不同，为防止在洁净室内微粒子的沉积，在洁净室工作前或工作后必须进行清扫。洁净室的净化空调系统每年应清扫1~2次，并宜委托专门清扫人员进行，所使用的清洁剂清扫程序应事先商定。
